FXRecentFolders

Finder->移動->最近使ったフォルダ
に追加されたフォルダの削除

% cat delete-recentrolders.sh

#!/bin/bash

cd
defaults delete com.apple.Finder FXRecentFolders
killall Finder

# 実行権付与
% chmod +x delete-recentrolders.sh

# 実行
% ./delete-recentrolders.sh

参考
http://www.macosxhints.com/